申请养殖小区需要遵循以下步骤：
土地流转与项目申请
与村里或土地经营者签订土地流转合同，确定养殖用地性质及其范围。
向当地政府提出养殖项目申请，当地政府工作人员对养殖用地进行实地勘察，对符合条件的，出具同意养殖项目的批复意见和适养区证明，并发函告知当地畜牧兽医局。
立项与建设指标申请
经过县农委立项之后，向当地国土部门申请建设指标，国土部门核准后出具证明，可能需要缴纳一笔复耕保证金。
规划书提交与审核
向当地兽医畜牧局提交畜禽养殖发展规划书，经审核后，兽医畜牧局出具符合养殖发展规划证明。
备案申请
畜禽养殖场、养殖小区兴办者应当向当地县级人民政府农业农村行政主管部门提出备案申请，填写《畜禽养殖场、养殖小区备案表》。符合规定的，县级人民政府农业农村行政主管部门应当予以备案，发放畜禽标识代码，定期向社会公布；不符合规定的，不予备案，并说明理由。
环保与防疫设施
申请单位需办理《动物防疫条件合格证》，并提交相关材料，包括场所地理位置图、各功能区布局平面图、设施设备清单、管理制度文本、人员情况（包括营业执照、法人代表或负责人身份证、专职防治人员技术职称资格证及其聘用协议、饲养人员的健康证）。
营业执照办理
到市场监督管理局办理营业执照，再到农业农村局办理《动物饲养场、养殖小区和动物屠宰加工场所动物防疫条件合格证》。
其他手续
根据当地政策要求，可能还需要办理其他相关手续，如用地备案手续、环保验收等。
建议您在申请过程中，详细咨询当地相关部门，确保所有手续和材料符合要求，以便顺利完成养殖小区的申请和建设。
