别墅地下室的面积计算主要依据《建筑工程建筑面积计算规范》（GB/T50353-2005）以及新版《规范》。以下是具体的计算规则：
结构层高在2.2米及以上
地下室和半地下室应按其结构外围水平面积计算全面积。
结构层高在2.2米及以下
地下室和半地下室应按其结构外围水平面积计算二分之一面积。
建筑物架空层及坡地建筑物吊脚架空层
结构层在2.2米以下的，也要算二分之一面积。
顶盖的采光井
结构净高在2.1米及以上的，应计算全面积；结构净高在2.1米以下的，应计算1/2面积。
总结来说，别墅地下室的面积计算主要看其结构层高，如果层高大于等于2.2米，则计算全面积；如果层高小于2.2米，则计算二分之一面积。此外，对于建筑物架空层及坡地建筑物吊脚架空层，以及顶盖的采光井，也有相应的计算规定。
