要查询在留资格的真实性，可以采取以下几种方法：
联系日本大使馆
可以通过日本大使馆查询学校的资质，确认学校是否属于国家机关认可的学校。
打电话到日本大使馆，提供在留编号和学校名，以核实在留资格的真实性。
使用在留卡读取软件
市场上有开发、销售在留卡读取用软件的产品，通过这些软件可以读取在留卡的图像，并与票面进行比较，从而确认在留卡的真实性。
访问入管局网站
在入境管理局主页上，可以找到“对在留卡以及特别永住者证明书的查看方法”，通过输入在留卡号码和有效期间年月日，可以查询在留卡编号是否有效。
直接询问学校
如果在国内，可以直接给所申请的学校打电话，核实在留资格认定证书的真实性。学校通常会要求提供资格证的编号，通过输入编号即可查验。
对比资料
可以将申请时提交的所有资料与入管局保存的记录进行对比，查看是否有不一致之处。入管局在审查时会查看申请人的出入国记录、经历书等内容，若有差异会提出质问。
使用官方查询服务
对于留学回国人员，可以通过教育部留学服务中心的官方网站进行查询。在网站首页的“认证书真伪查询”栏目中输入相关信息，即可查询认证书的真实性。
通过以上方法，可以有效地核实在留资格的真实性。建议首先联系日本大使馆或学校，以获取初步的核实信息，然后根据需要进一步使用其他方法进行详细查询。
